1マスで十分でした
ホッパーとチェストを繋げると増えたナマコが吸われてしまい、手持ちのナマコが補充されなくて途中で止まってしまうので何も接続せずに体だけでやるのが良さそうです。
念のため0.5スタックずつを左右の手に持って始めましたが、慌てなければ確実に増えますね。
注意点としては右クリック（左手）は押しっぱなしで、左クリックはタイミングよく押すことですかね。
動作見本はこちら
＃ナマコ（シーピクルス）自動養殖機(PC版1.13.1で動作確認)
これ、水取り除いてサンゴを畑にしてジャガイモとかニンジンを植えると同じように増やせます。というか、ジャガイモ増殖機とほぼ同じです。
ジャガイモ増殖機は真っ暗なところでやると自動的にジャガイモが抜けるのでオフハンドに持って押しっぱなしで増やせるのですが、ナマコはダメなので地味にクリックするしかないですかね。
いや、村人が植えてくれればいいのに（大切なことなので今日も言いました）
ちなみに、全自動コンブ養殖機、アイアンゴーレムTT（製鉄所）、低空TTは1.13.1でも無事稼働しています。
基本的にNotch氏(マイクラの作者)は自動機が嫌いみたいなので、余りにも効率を求めすぎる自動機はupdateの度に動かないように潰されてきました。
それをかいくぐって新しい機構を考え出すのもマイクラハッカーとしての楽しみの一つだとは思いますが、
私は「動いて、そこそこ獲れればいい」主義なので、程々に動く機構ばかり作っています。
回路などもなんとか自分で理解できる範囲で設計していますので、BUDなどは極力使っていません。
おかげさまで今のところupdateで動かなくなって全部作り直しという事態には直面していません。
どちらを求めていくかは皆さんのプレイスタイルだと思いますが、慌てて複雑なものを作ることはないと思いますよ？
のんびり行きましょう。