中央部に粘着ピストンを置いて圧殺することにしました。
持ち上げるブロックはソウルサンドにしてみましたが、効果があるのかは分かりません。
クモが大量にスポーンしたときは少し混雑しますが、クモが自発的に中央へ寄ってくるのと上手くいけば3匹まとめて圧殺できるので、詰まるというほどではありません。なんとかなった感じ。
今は手動ですが、タイマーで動かしても良さそうなので、天空トラップの落下口の入り口に仕掛けておけばいい感じになると思います。
このトラップでは上が無いので下から押していますが、トラップ直下で水流で集めるタイプなら天井があるのでピストンの設置と回路も何とかなるでしょう。